El museo de la «Pedagogía Amigoniana» está ubicado en el ala este de la Abadía San José en paralelo al museo del «Padre Luis Amigo» y separado de él por la nave central de la iglesia del Seminario. También este museo de la Pedagogía ha sido realizado por Tarabidar, y consta de dos grandes bloques temáticos.
Uno de ellos -situado en la pared de la izquierda- según se entra, está integrado por una serie de cuatro grandes paneles, en la que se dan a conocer elementos fundamentales de la Pedagogía Amigoniana, tales como: su Naturaleza; Educandos y educadores; Características de un tratamiento encaminado a la «formación del corazón» y las fases del mismo; Programación de la reeducación, con sus objetivos, actividades, grupos educativos, evaluación, notas y vales y la Labor preventiva de la Congregación.
El segundo bloque temático, situado en frente del 
anterior, consta de ocho vitrinas y una plataforma intermedia, en la que se situan aquellos objetos que, por sus dimensiones, no pueden ser expuestos en la vitrina que les correspondería. En este bloque, se exponen, fundamentalmente, distintos aparatos y tests, usados en los laboratorios psicotécnicos, que los terciarios capuchinos instalaron en sus centros a principio del siglo XX y que les constituyeron pioneros de las técnicas del conocimiento y diagnóstico psicológico dentro de España.
Los «aparatos» que se exponen están organizados en estos apartados: Aparatos para la obtención de medidas antropométricas; Aparatos para medición de sensaciones; Aparatos para medición de percepciones; Aparatos para medición de la memoria; Aparatos para medición de las reacciones y Aparatos para la medición de mobilidad, destreza y habilidad.
En la sección de «tests», se pueden apreciar, de momento, una aún pequeña selección de los más usados tradicionalmente por los terciarios capuchinos para medición de la inteligencia. Y entre ellos destaca el test de Vermeylen, en sus adaptaciones realizadas por los terciarios capuchinos, el padre Gabriel García Llavata y el padre Jesús Ramos Capella.
La última vitrina del museo está destinada a presentar, por ahora, una elemental muestra de las publicaciones de los terciarios capuchinos en el campo específico de la Psicopedagogía o simplemente de la Pedagogía. Destaca, en ella, un ejemplar de la clásica «Ficha Biopsicopedagógica», elaborada por la Congregación, y algunos ejemplares de las cuatro publicaciones periódicas realizadas por los amigonianos a lo largo de su historia, y que son, por orden de antigüedad, las revistas: La Emulación, Adolescens Surge, Surgam y Alborada.
El museo de la «Pedagogía amigoniana» se completa con una pequeña «Sala de audiovisuales», situada a la derecha del ingreso. Y tiene también una especie de «apéndice», destinado a mostrar distintos objetos de valor pertenecientes a los amigonianos. De momento estos objetos se reducen a tres pinturas.
