El museo «Padre Luis Amigó» está ubicado en la Abadía de San José. Ha sido realizado por Tarabidar y está dividido en tres bloques temáticos.
El primero de ellos, en color verde, recoge la historia de la vida de Luis Amigó en tres paneles. En el primero, su infancia, su adolescencia y su iniciación en la vida religiosa como capuchino. En el segundo panel se explican las fundaciones de las dos congregaciones. Y en el tercer panel, su nueva vida como obispo desde 1907, primero en Solsona (Lleida) y posteriormente en Segorbe (Castellón) en 1913. Para terminar, relata los últimos días de su vida. Ilustrando estos paneles encontramos seis vitrinas con objetos de 
uso personal de Luis Amigó.
En el segundo bloque temático se hace una introducción histórica, se explica quiénes eran los 23 mártires amigonianos (hombres y mujeres) que perdieron la vida durante la Guerra Civil Española en 1936 y se habla de la beatificación masiva que se celebró en Roma en el año 2001. Todo ello acompañado de una vitrina expositiva con objetos relacionados con los mártires amigonianos.
El tercer bloque temático, en color morado, tiene tres partes diferenciadas. El primer panel, la obra pedagógica, explica la historia, el fundamento, la metodología científica y los materiales del sistema pedagógico utilizado por los Amigonianos. A este panel lo acompañan tres vitrinas en las cuales se exponen diferentes documentos, materiales y objetos utilizados en las pruebas psicopedagógicas que se realizaban en los centros.
El segundo panel, la Obra de Luís Amigó hoy, resume en qué consiste la labor actual de la Congregación, dónde se desempeña, y detalla la presencia amigoniana en el mundo.
El tercer y último panel de este bloque es la iglesia del seminario de San José de Godella.
